Salome-Meca2021から、Singularityというコンテナ上で実行する方式に変わってしまったようだ。まずはSingularityのインストール(と最低限の使い方の理解)から手をつけなければならないので、そのためのメモ。 そもそも、Singularityを動かすのに、どの程度のスペックが必用なのかとか。 インストールに関しては、Singularityがインストールされているマシンであれば、アップデートの度に、新しいsifイメージファイルをダウンロードして、それをSingularity上で実行しさえすれば走るので、その意味では、楽かもしれない。Pythonの適切なバージョンをインストールしたり、既にインストールされているPythonのパスと競合しないように、リンクを張り直したりとか、その他の一連の必用なライブラリーを大量にインストールしたり、リンクを張ったり外したりとか、そういうことをしなくてよいという意味では。

Singularityのオプション

Salome-Meca2021のダウンロード

ターミナルで、

wget https://www.code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

をやると、途中でsegmentation fault (コアダンプ)になって終了するので、

wget --continue https://www.code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

として、途中からダウンロードを続け、コアダンプするたんびに、これを続ける。 5回ぐらいやると、エラーがなくなって正常終了する。

プロキシのエラーが出るようだったら、プロキシを指定してみる

wget -e HTTP_PROXY=hogeproxy.hoge.jp:8080 'https://code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2022.1.0-1-20221225-scibian-9.sif'
md5sum salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

でハッシュ値を調べ、

2082df163ab447eac202c0a2a6a1a00cf05eb4a1

になっていることを確認。違ってたら、ダウンロードのやり直し。 今、ハッシュ値は合ってたので、一応、k2にアップしておきます。

ハッシュ値の取得(22/06/28)

md5sum salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

で調べたハッシュ値と

sha1sum salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

で調べたハッシュ値ではハッシュの値が違った。 Salome_Mecaのダウンロードページに記載してあるハッシュ値は

sha1sum salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

の方であった。(バージョンによって違うのかな??)

salome_meca2021(2021.0.0-2-20211014)

2021.0.0-2-20211014をインストールして起動してみたが、 デスクトップ背景が映り込む問題は相変わらず変わっていませんでした。。。

Singularityのインストール

# 必要パッケージのインストール
 sudo apt-get update -y
 sudo apt-get install -y build-essential libssl-dev uuid-dev libgpgme11-dev squashfs-tools
 export VERSION=1.16.6 OS=linux ARCH=amd64
 cd /tmp

 # goのインストール
 sudo apt install git golang
 echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc
 echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc
 source ~/.bashrc

 # Singularityのインストール
 mkdir -p ${GOPATH}/src/github.com/sylabs
 cd ${GOPATH}/src/github.com/sylabs
 git clone https://github.com/sylabs/singularity.git
 cd singularity
 go get -u -v github.com/golang/dep/cmd/dep
 ./mconfig
 make -C builddir
 sudo make -C builddir install

 # Singularityのバージョン確認
 singularity version

上記をやったら、

3.8.0-rc.1+313-ga5cf23eb3

と出る。

Go compiler... not found!のエラーが出るとき

checking: host Go compiler (at least version 1.16)... not found!

make -C builddirでエラーが出る場合

golang関係

golangのバージョン確認

modのインストール

Salome-Meca2021の実行

singularity run salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sifをダウンロードしたディレクトリに行き

 singularity run salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif &

を実行。最初は、File→Preferenceから言語を日本語に変更して、再起動。

フォントがちょっとアンチエリアスが聞いてない感じ。 Firefoxとか、(Singularityの外の)アプリのウィンドウ内のフォントは、アンチエリアスが効いて輪郭がぼやけているが、 (Singularity内の)Salome-Mecaのフォントはアンチエリアスが効いてなくて、輪郭がギザギザした感じ。

AsterStudyのところで、Salome-Mecaの背後にあるFirefoxとかのウィンドウが透過して見えてしまう。 AsterStudyの真ん中に窓が空いたような感じになる。なんかいじっているうちに直ったが。

tamesiファイルサイエンスラボigata_g_m.hdfkata.commを読み込んで走らせたら、ちゃんと動作した。 でも、ちょっと重い感じもする。6コア12スレッド、メモリ32GBというハイスペックなマシンでやってみたが、 3年生用の低スペックノート(2コア、メモリ8GB)とかだと、どうなるか...

ノートPC(2コア、メモリ8GB)の場合

aliasの設定

.bashrcのalias設定のところに、

alias salome21='singularity run ~/salome_meca/salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif'

と書いて、

. .bashrc

をやっておけば、ターミナルを開いて、

salome21 &

でSalome-Meca2021を起動できるようになる。

ショートカットの作成

ターミナルからじゃないと起動できないのは不便だとすれば、パネル上にSalome-Meca2021のショートカットを作れば、今までと同じ感じで実行できる。

meshのエラー「Cannot check ○○ lisence」

Asterstudy

「PESANTEUR」「ROTATION」

コマンド名


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Last-modified: 2023-03-01 (水) 11:00:43