salome-meca2021メモ

Salome-Meca2021から、Singularityというコンテナ上で実行する方式に変わってしまったようだ。まずはSingularityのインストール（と最低限の使い方の理解）から手をつけなければならないので、そのためのメモ。 そもそも、Singularityを動かすのに、どの程度のスペックが必用なのかとか。 インストールに関しては、Singularityがインストールされているマシンであれば、アップデートの度に、新しいsifイメージファイルをダウンロードして、それをSingularity上で実行しさえすれば走るので、その意味では、楽かもしれない。Pythonの適切なバージョンをインストールしたり、既にインストールされているPythonのパスと競合しないように、リンクを張り直したりとか、その他の一連の必用なライブラリーを大量にインストールしたり、リンクを張ったり外したりとか、そういうことをしなくてよいという意味では。

Singularityのオプション†

• https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/HowToSubmitJob

Salome-Meca2021のダウンロード†

ターミナルで、

wget https://www.code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

をやると、途中でsegmentation fault (コアダンプ)になって終了するので、

wget --continue https://www.code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

として、途中からダウンロードを続け、コアダンプするたんびに、これを続ける。 5回ぐらいやると、エラーがなくなって正常終了する。

プロキシのエラーが出るようだったら、プロキシを指定してみる

wget -e HTTP_PROXY=hogeproxy.hoge.jp:8080 'https://code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2022.1.0-1-20221225-scibian-9.sif'

md5sum salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

でハッシュ値を調べ、

2082df163ab447eac202c0a2a6a1a00cf05eb4a1

になっていることを確認。違ってたら、ダウンロードのやり直し。 今、ハッシュ値は合ってたので、一応、k2にアップしておきます。

ハッシュ値の取得（22/06/28）†

md5sum salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

で調べたハッシュ値と

sha1sum salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

で調べたハッシュ値ではハッシュの値が違った。 Salome_Mecaのダウンロードページに記載してあるハッシュ値は

sha1sum salome_meca-lgpl-2021.0.0-2-20211014-scibian-9.sif

の方であった。（バージョンによって違うのかな？？）

salome_meca2021(2021.0.0-2-20211014)†

2021.0.0-2-20211014をインストールして起動してみたが、 デスクトップ背景が映り込む問題は相変わらず変わっていませんでした。。。

Singularityのインストール†

• https://qiita.com/a210/items/aa98ebfa847fb881b1a5
  • この辺がわかりやすそうか

# 必要パッケージのインストール
 sudo apt-get update -y
 sudo apt-get install -y build-essential libssl-dev uuid-dev libgpgme11-dev squashfs-tools
 export VERSION=1.16.6 OS=linux ARCH=amd64
 cd /tmp

 # goのインストール
 sudo apt install git golang
 echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc
 echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc
 source ~/.bashrc

 # Singularityのインストール
 mkdir -p ${GOPATH}/src/github.com/sylabs
 cd ${GOPATH}/src/github.com/sylabs
 git clone https://github.com/sylabs/singularity.git
 cd singularity
 go get -u -v github.com/golang/dep/cmd/dep
 ./mconfig
 make -C builddir
 sudo make -C builddir install

 # Singularityのバージョン確認
 singularity version

上記をやったら、

3.8.0-rc.1+313-ga5cf23eb3

と出る。

• 上記の手順をまとめたsalomein21を作成した。

Go compiler... not found!のエラーが出るとき†

checking: host Go compiler (at least version 1.16)... not found!

• https://qiita.com/fleming_tone/items/fc03570ac5b8de1cf027

make -C builddirでエラーが出る場合†

• ./mconfigを以下に変更

  ./mconfig --without-seccomp --without-conmon

golang関係†

golangのバージョン確認†

• golangのバージョンが1.17以降じゃないと./mconfigでエラーが出る。

  # バージョン確認
  go version

• 1.17でなかった場合は以下を実行

  sudo add-apt-repository ppa:longsleep/golang-backports
  sudo apt update
  sudo apt install golang-go golang

• 上記を行ってもバージョンが変わらない場合、goのフォルダを削除して再インストールする。

  sudo rm -R /usr/local/go
  sudo apt --reinstall install golang golang-go
  echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc
  echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc
  source ~/.bashrc

• これを行った後、# Singularityのインストール　からもう一度行う。

modのインストール†

• go mod tidyのmodがありませんというエラーがmake -C builddirで出たら、以下を実行。

  go mod tidy
  make -C builddir
  

Salome-Meca2021の実行†

singularity run salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sifをダウンロードしたディレクトリに行き

 singularity run salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif &

を実行。最初は、File→Preferenceから言語を日本語に変更して、再起動。

フォントがちょっとアンチエリアスが聞いてない感じ。 Firefoxとか、(Singularityの外の)アプリのウィンドウ内のフォントは、アンチエリアスが効いて輪郭がぼやけているが、 (Singularity内の)Salome-Mecaのフォントはアンチエリアスが効いてなくて、輪郭がギザギザした感じ。

AsterStudyのところで、Salome-Mecaの背後にあるFirefoxとかのウィンドウが透過して見えてしまう。 AsterStudyの真ん中に窓が空いたような感じになる。なんかいじっているうちに直ったが。

• おそらくグラフィックボードの問題では？ https://www.code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=25980

tamesiファイルサイエンスラボの igata_g_m.hdfと kata.commを読み込んで走らせたら、ちゃんと動作した。 でも、ちょっと重い感じもする。6コア12スレッド、メモリ32GBというハイスペックなマシンでやってみたが、 3年生用の低スペックノート(2コア、メモリ8GB)とかだと、どうなるか...

ノートPC(2コア、メモリ8GB)の場合†

• 構造研のiiyamaノート(2コア、メモリ8GB)で、igata_g_m.hdfをSalome-Meca2021で解析してみたところ、解析できた。
• salome-meca2019と2021の解析時間を比較した場合、2019は25秒だったのに対し、2021は49秒かかった。
• 低スペックマシンの場合(2021/10/8時点)Salome-Meca2019の方が動作しやすいのかも。

aliasの設定†

.bashrcのalias設定のところに、

alias salome21='singularity run ~/salome_meca/salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif'

と書いて、

. .bashrc

をやっておけば、ターミナルを開いて、

salome21 &

でSalome-Meca2021を起動できるようになる。

ショートカットの作成†

ターミナルからじゃないと起動できないのは不便だとすれば、パネル上にSalome-Meca2021のショートカットを作れば、今までと同じ感じで実行できる。

• パネル上で右クリックし Add to Panel
• カスタム・アプリケーションのランチャ
• キーの型：端末内で起動する
• 追加
• 名前：Salome-Meca2021
• コマンド：/usr/local/bin/singularity run /home/kouzou/salome_meca/salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif
• アイコンの画像は、何もしないと押ボタンになるけど、今までのアイコンがよければ、それをsalome_mecaのディレクトリにでも入れて、参照すればよい。
  • 例えば、Salome-Meca2020のアイコンの画像ファイルは、~/kouzou/salome_meca/V2020.0.1_universal_universal/icon.png

meshのエラー「Cannot check ○○ lisence」†

• Salome-Meca2020までは、メッシュを切るときに「詳細設定セットの割り当て」→「Max size」でメッシュの細かさを決めていたが、Salome-Meca2021では同じようにやるとエラーが起きる場合がある。

• 「詳細設定セットの割り当て」→「Max size」で設定すると、自動的に最適なメッシュのアルゴリズムが決められるらしいが、何故か有料でプラグインを入れないといけないもの(MG-Tetra)に設定される場合がある。そのときにエラーが出る。https://www.code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=26021

  MG-CADSurf #3(Face) Cannot check CADSurf2.12-1 lisence

• 回避するには、アルゴリズムで「NETGEN 1D-2D-3D」を選択し、右側の歯車マークから「NETGEN 3D Parameters」で設定→最大最小のメッシュサイズを設定し、「適用して閉じる」を押し、メッシュを切る。「詳細設定セットの割り当て」はしない。
• 最小メッシュサイズは最初0.1とかにしておいて、計算に時間がかかったりエラーが出るようであれば少し大きくする。

Asterstudy†

「PESANTEUR」「ROTATION」†

• BC and load>AFFE_CHAR_MECAに「PESANTEUR」と「ROTATION」が追加された。
• PESANTEURは日本語で重力
• 重力とローカル座標系の設定？

コマンド名†

• ここで確認。

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