Salome-Meca2021から、Singularityというコンテナ上で実行する方式に変わってしまったようだ。まずはSingularityのインストール(と最低限の使い方の理解)から手をつけなければならないので、そのためのメモ。 そもそも、Singularityを動かすのに、どの程度のスペックが必用なのかとか。 インストールに関しては、Singularityがインストールされているマシンであれば、アップデートの度に、新しいsifイメージファイルをダウンロードして、それをSingularity上で実行しさえすれば走るので、その意味では、楽かもしれない。Pythonの適切なバージョンをインストールしたり、既にインストールされているPythonのパスと競合しないように、リンクを張り直したりとか、その他の一連の必用なライブラリーを大量にインストールしたり、リンクを張ったり外したりとか、そういうことをしなくてよいという意味では。

Salome-Meca2021のダウンロード

ターミナルで、

wget https://www.code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif

をやると、途中でsegmentation fault (コアダンプ)になって終了するので、

wget --continue https://www.code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif

として、途中からダウンロードを続け、コアダンプするたんびに、これを続ける。 5回ぐらいやると、エラーがなくなって正常終了する。

md5sum salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif

でハッシュ値を調べ、

65e153eaf43edcd3b671d41194936f53

になっていることを確認。違ってたら、ダウンロードのやり直し。 今、ハッシュ値は合ってたので、一応、k2にアップしておきます。

Singularityのインストール

# 必要パッケージのインストール
 sudo apt-get update -y
 sudo apt-get install -y build-essential libssl-dev uuid-dev libgpgme11-dev squashfs-tools
 export VERSION=1.16.6 OS=linux ARCH=amd64
 cd /tmp

 # goのインストール
 wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && \ # Downloads the required Go package
 echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc
 echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc
 source ~/.bashrc

 # Singularityのインストール
 mkdir -p ${GOPATH}/src/github.com/sylabs
 cd ${GOPATH}/src/github.com/sylabs
 # gitとgoがインストールされてない場合はインストール
 sudo apt install git golang
 git clone https://github.com/sylabs/singularity.git
 cd singularity
 go get -u -v github.com/golang/dep/cmd/dep
 ./mconfig
 make -C builddir
 sudo make -C builddir install

 # Singularityのバージョン確認
 singularity version

上記をやったら、

3.8.0-rc.1+313-ga5cf23eb3

と出る。

Salome-Meca2021の実行

singularity run salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sifをダウンロードしたディレクトリに行き

 singularity run salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif &

を実行。最初は、File→Preferenceから言語を日本語に変更して、再起動。

フォントがちょっとアンチエリアスが聞いてない感じ。 Firefoxとか、(Singularityの外の)アプリのウィンドウ内のフォントは、アンチエリアスが効いて輪郭がぼやけているが、 (Singularity内の)Salome-Mecaのフォントはアンチエリアスが効いてなくて、輪郭がギザギザした感じ。

AsterStudy?のところで、Salome-Mecaの背後にあるFirefoxとかのウィンドウが透過して見えてしまう。 AsterStudy?の真ん中に窓が空いたような感じになる。なんかいじっているうちに直ったが。

tamesiファイルサイエンスラボigata_g_m.hdfkata.commを読み込んで走らせたら、ちゃんと動作した。 でも、ちょっと重い感じもする。6コア12スレッド、メモリ32GBというハイスペックなマシンでやってみたが、 3年生用の低スペックノート(2コア、メモリ8GB)とかだと、どうなるか...

ノートPC(2コア、メモリ8GB)の場合

  • 構造研のiiyamaノート(2コア、メモリ8GB)で、igata_g_m.hdfをSalome-Meca2021で解析してみたところ、解析できた。
  • salome-meca2019と2021の解析時間を比較した場合、2019は25秒だったのに対し、2021は49秒かかった。
  • 低スペックマシンの場合(2021/10/8時点)Salome-Meca2019の方が動作しやすいのかも。

aliasの設定

.bashrcのalias設定のところに、

alias salome21='singularity run ~/salome_meca/salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif'

と書いて、

. .bashrc

をやっておけば、ターミナルを開いて、

salome21 &

でSalome-Meca2021を起動できるようになる。

ショートカットの作成

ターミナルからじゃないと起動できないのは不便だとすれば、パネル上にSalome-Meca2021のショートカットを作れば、今までと同じ感じで実行できる。

  • パネル上で右クリックし Add to Panel
  • カスタム・アプリケーションのランチャ
  • キーの型:端末内で起動する
  • 追加
  • 名前:Salome-Meca2021
  • コマンド:/usr/local/bin/singularity run /home/kouzou/salome_meca/salome_meca-lgpl-2021.0.0-1-20210811-scibian-9.sif
  • アイコンの画像は、何もしないと押ボタンになるけど、今までのアイコンがよければ、それをsalome_mecaのディレクトリにでも入れて、参照すればよい。
    • 例えば、Salome-Meca2020のアイコンの画像ファイルは、~/kouzou/salome_meca/V2020.0.1_universal_universal/icon.png

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Last-modified: 2021-10-18 (月) 13:46:47