ubuntu20.04でSalome-Meca2019をインストールしようとすると
./create_appli.sh: line 131: python: command not found
のエラー。
python3 -V
をやると Python 3.8.2 と表示されるので、pythonは入っているのだが、 3.8になってしまうと駄目なのか? そうではなくて、pythonというコマンドは、ubuntu18.04までは、/usr/bin/の中にpythonというコマンドがあって、python2.7にリンクされていたということか。 ubuntu20.04の/usr/binの中には、pythonというリンク(ファイル)はないので、/usr/bin/python3をpythonにコピーしてSalome-Meca2019をインストールし直しするが、だめみたい。というか、ubuntu18.04でもSalome-Mecaのインストールファイルは、pythonというコマンドをつかっているわけだから、インストール時には、python2.7をつかっていたということか。python2.7をインストールすればいいのか?
AsterStudyのモージュールを有効にできません。 Failed to activate module AsterStudy
ちなみに、Ubuntu20.04にsudoでSalome-Meca2019をインストールすると、/root/salome_mecaにインストールされてしまう。 Salome-Meca2018はインストールできない。めんどくさいんで、Debinan10.3.0をインストールし直して、それにSalome-Meca2019をインストールしたら、問題なく動いているよう。Debianはインストール時にMATEも選べるし、結構いいかもしれない。見た目もVineのようで落ち着いているし。ただし、Debianは最近のノートPCの無線LANを使えるようにドライバーをビルドしたりするのは大変だ。その辺はFedoraとかの方が楽そうだが、python関係が新しすぎてもSalome-Mecaが動かなかったりする。Fedora32にはSalome-Meca2019も2018もインストールできなかった。 Linux Mint 18.1 MATEだと、Salome-Meca2018は動いたが、2019は動かない。
sudo apt-get install libQt5* net-tools libnlopt0 python3 python3-dev python3-numpy libffi* cd salome_meca/V2019.0.3_univ/prerequisites/debianForSalome/lib rm libstdc++.so.6 ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 libstdc++.so.6 ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so libffi.so.6
sudo apt install python2.7 sudo ln -s /usr/bin/python2.7 /usr/bin/python
新しいPCでも、これが出るのがそれなりにある。今回はHPのやや新しいノート。AMDだと、radeonドライバー関係でひっかりやすいのかも。 Salome-Meca2017, 2018, 2019のバージョンにも依存する。 メッシュを切り直して、AsterStudyでoutputを編集した途端に出るとか、 AsterStudyでcommファイルを読み込んで、メッシュのところを編集しようとした途端に出るとか。
radeonドライバーのインストールもやったけど、駄目。 他のOSを入れてためそうと、debian10を入れようとしたら、無線LANを認識してくれないのでやめ。Linux Mint 18 MATE は無線LANは認識するのだが、空き領域へのインストールへ進めない。全削除クリーンインストールでも先へ進めないので断念。Ubuntu16.04(2021/4頃まではサポートがある)はすんなりインストールできて、Salome-Meca2018は起動しない。Salome-Meca2017は、特に問題なく動くよう。メッシュを切り直してOutputを編集しても大丈夫そうだ。これで様子を見るか(要は、卒論の遠隔指導用ノートPCを多数 用意しなければならないのだが...)
Salome-Meca2019が問題なく動くマシンで、ulimit -a csh: limit をやった結果
core file size (blocks, -c) 0 data seg size (kbytes, -d) unlimited scheduling priority (-e) 0 file size (blocks, -f) unlimited pending signals (-i) 30064 max locked memory (kbytes, -l) 16384 max memory size (kbytes, -m) unlimited open files (-n) 1024 pipe size (512 bytes, -p) 8 POSIX message queues (bytes, -q) 819200 real-time priority (-r) 0 stack size (kbytes, -s) 8192 cpu time (seconds, -t) unlimited max user processes (-u) 30064 virtual memory (kbytes, -v) unlimited file locks (-x) unlimited
以下のようなエラーが出ることもある
Traceback: File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/ASTERSTUDY_201903/lib/python3.6/site-packages/asterstudy/gui/parameterpanel/editors.py", line 1669, in updateMeshView if is_medfile(filename) or is_reference(filename):
File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/ASTERSTUDY_201903/lib/python3.6/site-packages/asterstudy/common/extfiles.py", line 423, in is_medfile return get_extension(file_name) in ('med', 'rmed', 'mmed')
File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/ASTERSTUDY_201903/lib/python3.6/site-packages/asterstudy/common/base_utils.py", line 123, in get_extension basename = osp.basename(path)
File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/prerequisites/Python-365/lib/python3.6/posixpath.py", line 146, in basename p = os.fspath(p)
Searching /Kernel/Session in Naming Service ++++++++++libGL error: MESA-LOADER: failed to open radeonsi (search paths /usr/lib/x86_64-linux-gnu/dri:\$${ORIGIN}/dri:/usr/lib/dri)
最初は解けていた梁の簡単な問題でも出力が出せなくなった。 起動はできて、runすると
Cannot read output file or empty file
のエラー。output fileが出力されない。
Salome-Meca2019の場合、実行中のHistory Viewの右下に出ている Outputタブ(ここに Cannot read output file or empty file. が表示されている)を Messagesタブに切り替えると、計算が終了していたり(ここで終了してなくても、 Outputに戻ると)終了したりする。 というわけで、実行後は、OutputとMessagesのタブを時々 切り替えるといいような。
INFO:MainThread:/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/PortManager.py[151]Problem loading PortManager file: /tmp/.salome_PortManager.cfg INFO:PortManager:Problem loading PortManager file: /tmp/.salome_PortManager.cfg Searching for a free port for naming service: 2810 - OK Searching Naming Service + found in 0.1 seconds Searching /Kernel/Session in Naming Service ++Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback: AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding' ++++++++++++++_IceTransSocketUNIXConnect: Cannot connect to non-local host localhost _IceTransSocketUNIXConnect: Cannot connect to non-local host localhost +Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback: AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding' +Warning: this type (Study,objref) already exists, it will be ignored. Warning: this type (SALOME_MED/MEDCouplingFieldDoubleCorbaInterface,objref) already exists, it will be ignored. found in 9.0 seconds Start SALOME, elapsed time : 9.5 seconds Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback: AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding' **************************************************************** Warning: module NETGENPLUGIN is improperly configured! Module NETGENPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** **************************************************************** Warning: module HYBRIDPLUGIN is improperly configured! Module HYBRIDPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** **************************************************************** Warning: module HexoticPLUGIN is improperly configured! Module HexoticPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** **************************************************************** Warning: module GHS3DPLUGIN is improperly configured! Module GHS3DPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** **************************************************************** Warning: module BLSURFPLUGIN is improperly configured! Module BLSURFPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** **************************************************************** Warning: module GMSHPLUGIN is improperly configured! Module GMSHPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************
Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback: AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding' Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback: AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding' Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback: AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'
ERROR: The user login on remote machine MUST be given.
runSalome running on agr194-186.hines.hoge.ac.jp INFO:MainThread:/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/PortManager.py[151]Problem loading PortManager file: /tmp/.salome_PortManager.cfg INFO:PortManager:Problem loading PortManager file: /tmp/.salome_PortManager.cfg Searching for a free port for naming service: 2810 - OK Searching Naming Service + found in 0.1 seconds Searching /Kernel/Session in Naming Service ++Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback: AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding' +++++++++++++++++Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback: AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding' Warning: this type (Study,objref) already exists, it will be ignored. Warning: this type (SALOME_MED/MEDCouplingFieldDoubleCorbaInterface,objref) already exists, it will be ignored. + found in 10.0 seconds Start SALOME, elapsed time : 10.6 seconds Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback: AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding' **************************************************************** Warning: module NETGENPLUGIN is improperly configured! Module NETGENPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** **************************************************************** Warning: module HYBRIDPLUGIN is improperly configured! Module HYBRIDPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** **************************************************************** Warning: module HexoticPLUGIN is improperly configured! Module HexoticPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** **************************************************************** Warning: module GHS3DPLUGIN is improperly configured! Module GHS3DPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** **************************************************************** Warning: module BLSURFPLUGIN is improperly configured! Module BLSURFPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** **************************************************************** Warning: module GMSHPLUGIN is improperly configured! Module GMSHPLUGIN will not be available in GUI mode! **************************************************************** SalomeApp_Engine_i::Load() isMultiFile = 0 AsterStudy: 金-03-16:46:50.614 Opening AsterStudy JSON file... AsterStudy: 金-03-16:46:50.620 Use version 'stable' (14.4.0) AsterStudy: 金-03-16:46:50.620 loading case 'RunCase_1' (1/2)... AsterStudy: 金-03-16:46:50.620 loading stages... AsterStudy: 金-03-16:46:50.620 case 'RunCase_1' loaded AsterStudy: 金-03-16:46:50.621 loading case 'CurrentCase' (2/2)... AsterStudy: 金-03-16:46:50.621 loading stages... AsterStudy: 金-03-16:46:50.767 case 'CurrentCase' loaded AsterStudy: 金-03-16:46:51.141 JSON file reloaded AsterStudy: 金-03-16:46:52.114 AsterStudy is activating... AsterStudy: 金-03-16:46:52.115 Creating workspace... AsterStudy: 金-03-16:46:52.221 Refreshing configuration on localhost... AsterStudy: 金-03-16:46:53.654 workspace is ready. AsterStudy: 金-03-16:46:54.410 AsterStudy activated AsterStudy: 金-03-16:47:22.208 saving case 1-RunCase_1... AsterStudy: 金-03-16:47:22.211 saving case 15-RunCase_2... AsterStudy: 金-03-16:47:22.213 saving case 5-CurrentCase... AsterStudy: 金-03-16:47:23.064 Submitting job on localhost... AsterStudy: 金-03-16:47:23.129 job submitted AsterStudy: 金-03-16:47:23.134 Getting job output on agr194-186... AsterStudy: 金-03-16:47:23.274 exit code: 255 AsterStudy: 金-03-16:47:23.352 Getting job output on agr194-186... AsterStudy: 金-03-16:47:23.367 exit code: 255 AsterStudy: 金-03-16:47:23.372 Getting job output on agr194-186... AsterStudy: 金-03-16:47:23.387 exit code: 255 AsterStudy: 金-03-16:47:23.391 Getting job output on agr194-186... AsterStudy: 金-03-16:47:23.406 exit code: 255 /bin/cp: '/tmp/asterstudy_workdir_kouzou/kouzou-agr194-186.hines.hoge.ac. jp-金-03-164723.050/./bou2.med' を stat できません: そのようなファイルやディ レクトリはありません /bin/cp: '/tmp/asterstudy_workdir_kouzou/kouzou-agr194-186.hines.hoge.ac. jp-金-03-164723.050/./message' を stat できません: そのようなファイルやディ レクトリはありません /bin/cp: '/tmp/asterstudy_workdir_kouzou/kouzou-agr194-186.hines.hoge.ac. jp-金-03-164723.050/./base-stage1' を stat できません: そのようなファイルや ディレクトリはありません
runSalome running on hp16 Searching for a free port for naming service: 2811 - OK Searching Naming Service + found in 0.1 seconds SALOME_Session_Server: error while loading shared libraries: libGLX.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory Traceback (most recent call last): File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/KERNEL_V9_3_0/bin/salome/orbmodule.py", line 172, in waitNSPID os.kill(thePID,0) ProcessLookupError: [Errno 3] No such process
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last): File "/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/runSalome.py", line 633, in useSalome clt = startSalome(args, modules_list, modules_root_dir) File "/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/runSalome.py", line 578, in startSalome session=clt.waitNSPID("/Kernel/Session",mySessionServ.PID,SALOME.Session) File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/KERNEL_V9_3_0/bin/salome/orbmodule.py", line 174, in waitNSPID raise RuntimeError("Process %d for %s not found" % (thePID,theName)) RuntimeError: Process 11528 for /Kernel/Session not found Searching /Kernel/Session in Naming Service
--- Error during Salome launch ---
runSalome running on hp20 Searching for a free port for naming service: 2811 - OK Searching Naming Service + found in 0.1 seconds Searching /Kernel/Session in Naming Service ++SALOME_Session_Server: error while loading shared libraries: libquadmath.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory Traceback (most recent call last): File "/home/kouzou/salome_meca/appli_V2018.0.1_public/bin/salome/runSalome.py", line 633, in useSalome clt = startSalome(args, modules_list, modules_root_dir) File "/home/kouzou/salome_meca/appli_V2018.0.1_public/bin/salome/runSalome.py", line 578, in startSalome session=clt.waitNSPID("/Kernel/Session",mySessionServ.PID,SALOME.Session) File "/home/kouzou/salome_meca/V2018.0.1_public/modules/KERNEL_V8_5_0/bin/salome/orbmodule.py", line 174, in waitNSPID raise RuntimeError, "Process %d for %s not found" % (thePID,theName) RuntimeError: Process 4178 for /Kernel/Session not found
runSalome running on hp20 Searching for a free port for naming service: 2812 - OK Searching Naming Service + found in 0.1 seconds Searching /Kernel/Session in Naming Service ++++++++++++SALOME_Session_Server: error while loading shared libraries: libquadmath.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory Traceback (most recent call last): File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/KERNEL_V9_3_0/bin/salome/orbmodule.py", line 172, in waitNSPID os.kill(thePID,0) ProcessLookupError: [Errno 3] No such process
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last): File "/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/runSalome.py", line 633, in useSalome clt = startSalome(args, modules_list, modules_root_dir) File "/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/runSalome.py", line 578, in startSalome session=clt.waitNSPID("/Kernel/Session",mySessionServ.PID,SALOME.Session) File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/KERNEL_V9_3_0/bin/salome/orbmodule.py", line 174, in waitNSPID raise RuntimeError("Process %d for %s not found" % (thePID,theName)) RuntimeError: Process 4650 for /Kernel/Session not found
--- Error during Salome launch ---
========================================================= Self Extracting salome_meca V2019.0.3_universal Installer =========================================================
Enter the salome_meca install directory [default=/home/kouzou/salome_meca] : salome_meca is in English, do you want to be in French ? [y/N] : N Installation of salome_meca V2019.0.3_universal in /home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal ... Verifying archive integrity... All good. Done ./create_appli.sh: 行 108: /salome_prerequisites_root.sh: そのようなファイルやディレクトリはありません ./create_appli.sh: 行 109: /salome_modules.sh: そのようなファイルやディレクトリはありません Creating salome_meca application in /home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal ... sed: /.config_appli_template.xml を読み込めません: そのようなファイルやディレクトリはありません Desktop directory not found. grep: salome_context.cfg: そのようなファイルやディレクトリはありません salome_meca post-installation ... ./create_appli.sh: 行 263: python: コマンドが見つかりません ./create_appli.sh: 行 287: ./salome_post_install.py: そのようなファイルやディレクトリはありません The salome_meca application was successfully created. To run the application: $ /home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/salome Adjusting wishexecutable /home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/tools/Code_aster_frontend-20190/etc/codeaster/profile.sh Initialize terminal and editor for Code_aster Final configuration
salome_meca/appli_V2019.0.3_universalの中の実行ファイル(salome)を直接 起動した場合のエラーの最後の行は、
RuntimeError: Process 7208 for /Kernel/Session not found
みたいな感じ。以下をインストールすると解決
sudo apt install libQt5* net-tools libnlopt0
Ubuntu18(クライアント版)のsalome-meca 2019にhdfファイルを読み込もうとしたら、
ドキュメントオープン中に不明な問題が発生しました
のエラー。「ダウンロード」等、全角文字のディレクトリ内のhdfを読み込もうとすると出るようだ。Salome-Meca 2018だと大丈夫のようだが。
Salome Exception:liblapack.so.3:共有オブジェクトファイルを開けません: そのようなファイルやディレクトリはありません
liblapack3をインストールすれば解決。