ubuntu20.04

ubuntu20.04でSalome-Meca2019をインストールしようとすると

./create_appli.sh: line 131: python: command not found

のエラー。

python3 -V

をやると Python 3.8.2 と表示されるので、pythonは入っているのだが、 3.8になってしまうと駄目なのか? そうではなくて、pythonというコマンドは、ubuntu18.04までは、/usr/bin/の中にpythonというコマンドがあって、python2.7にリンクされていたということか。 ubuntu20.04の/usr/binの中には、pythonというリンク(ファイル)はないので、/usr/bin/python3をpythonにコピーしてSalome-Meca2019をインストールし直しするが、だめみたい。というか、ubuntu18.04でもSalome-Mecaのインストールファイルは、pythonというコマンドをつかっているわけだから、インストール時には、python2.7をつかっていたということか。python2.7をインストールすればいいのか?

ちなみに、Ubuntu20.04にsudoでSalome-Meca2019をインストールすると、/root/salome_mecaにインストールされてしまう。 Salome-Meca2018はインストールできない。めんどくさいんで、Debinan10.3.0をインストールし直して、それにSalome-Meca2019をインストールしたら、問題なく動いているよう。Debianはインストール時にMATEも選べるし、結構いいかもしれない。見た目もVineのようで落ち着いているし。ただし、Debianは最近のノートPCの無線LANを使えるようにドライバーをビルドしたりするのは大変だ。その辺はFedoraとかの方が楽そうだが、python関係が新しすぎてもSalome-Mecaが動かなかったりする。Fedora32にはSalome-Meca2019も2018もインストールできなかった。 Linux Mint 18.1 MATEだと、Salome-Meca2018は動いたが、2019は動かない。

ubuntu20

sudo apt install python2.7
sudo ln -s /usr/bin/python2.7 /usr/bin/python

SIGSEGV 'segmentation vilolation' detected.

新しいPCでも、これが出るのがそれなりにある。今回はHPのやや新しいノート。AMDだと、radeonドライバー関係でひっかりやすいのかも。 Salome-Meca2017, 2018, 2019のバージョンにも依存する。 メッシュを切り直して、AsterStudyでoutputを編集した途端に出るとか、 AsterStudyでcommファイルを読み込んで、メッシュのところを編集しようとした途端に出るとか。

radeonドライバーのインストールもやったけど、駄目。 他のOSを入れてためそうと、debian10を入れようとしたら、無線LANを認識してくれないのでやめ。Linux Mint 18 MATE は無線LANは認識するのだが、空き領域へのインストールへ進めない。全削除クリーンインストールでも先へ進めないので断念。Ubuntu16.04(2021/4頃まではサポートがある)はすんなりインストールできて、Salome-Meca2018は起動しない。Salome-Meca2017は、特に問題なく動くよう。メッシュを切り直してOutputを編集しても大丈夫そうだ。これで様子を見るか(要は、卒論の遠隔指導用ノートPCを多数 用意しなければならないのだが...)

Salome-Meca2019が問題なく動くマシンで、ulimit -a csh: limit をやった結果

core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 30064
max locked memory       (kbytes, -l) 16384
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) 8192
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 30064
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited

以下のようなエラーが出ることもある

Traceback:
 File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/ASTERSTUDY_201903/lib/python3.6/site-packages/asterstudy/gui/parameterpanel/editors.py", line 1669, in updateMeshView
   if is_medfile(filename) or is_reference(filename):
 File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/ASTERSTUDY_201903/lib/python3.6/site-packages/asterstudy/common/extfiles.py", line 423, in is_medfile
   return get_extension(file_name) in ('med', 'rmed', 'mmed')
 File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/ASTERSTUDY_201903/lib/python3.6/site-packages/asterstudy/common/base_utils.py", line 123, in get_extension
   basename = osp.basename(path)
 File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/prerequisites/Python-365/lib/python3.6/posixpath.py", line 146, in basename
   p = os.fspath(p)

Salome-Meca2018

Searching /Kernel/Session in Naming Service ++++++++++libGL error: MESA-LOADER: failed to open radeonsi (search paths /usr/lib/x86_64-linux-gnu/dri:\$${ORIGIN}/dri:/usr/lib/dri)

佐々木先生のとこのエラー

最初は解けていた梁の簡単な問題でも出力が出せなくなった。 起動はできて、runすると

Cannot read output file or empty file

のエラー。output fileが出力されない。

Salome-Meca2019の場合、実行中のHistory Viewの右下に出ている Outputタブ(ここに Cannot read output file or empty file. が表示されている)を Messagesタブに切り替えると、計算が終了していたり(ここで終了してなくても、 Outputに戻ると)終了したりする。 というわけで、実行後は、OutputとMessagesのタブを時々 切り替えるといいような。

起動時のエラー

 INFO:MainThread:/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/PortManager.py[151]Problem
loading PortManager file: /tmp/.salome_PortManager.cfg
INFO:PortManager:Problem loading PortManager file:
/tmp/.salome_PortManager.cfg
Searching for a free port for naming service: 2810 - OK
Searching Naming Service  + found in 0.1 seconds
Searching /Kernel/Session in Naming Service  ++Error in sitecustomize; set
PYTHONVERBOSE for traceback:
AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'
++++++++++++++_IceTransSocketUNIXConnect: Cannot connect to non-local host
localhost
_IceTransSocketUNIXConnect: Cannot connect to non-local host localhost
+Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback:
AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'
+Warning: this type (Study,objref) already exists, it will be ignored.
Warning: this type
(SALOME_MED/MEDCouplingFieldDoubleCorbaInterface,objref) already exists,
it will be ignored.
 found in 9.0 seconds
Start SALOME, elapsed time :   9.5 seconds
Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback:
AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'
****************************************************************
     Warning: module NETGENPLUGIN is improperly configured!
     Module NETGENPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
****************************************************************
     Warning: module HYBRIDPLUGIN is improperly configured!
     Module HYBRIDPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
****************************************************************
     Warning: module HexoticPLUGIN is improperly configured!
     Module HexoticPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
****************************************************************
     Warning: module GHS3DPLUGIN is improperly configured!
     Module GHS3DPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
****************************************************************
     Warning: module BLSURFPLUGIN is improperly configured!
     Module BLSURFPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
****************************************************************
     Warning: module GMSHPLUGIN is improperly configured!
     Module GMSHPLUGIN will not be available in GUI mode!
**************************

error.log

Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback:
AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'
Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback:
AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'
Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback:
AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'

output.log

ERROR: The user login on remote machine MUST be given.

動作中のエラー

runSalome running on agr194-186.hines.hoge.ac.jp
INFO:MainThread:/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/PortManager.py[151]Problem
loading PortManager file: /tmp/.salome_PortManager.cfg
INFO:PortManager:Problem loading PortManager file:
/tmp/.salome_PortManager.cfg
Searching for a free port for naming service: 2810 - OK
Searching Naming Service  + found in 0.1 seconds
Searching /Kernel/Session in Naming Service  ++Error in sitecustomize; set
PYTHONVERBOSE for traceback:
AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'
+++++++++++++++++Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback:
AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'
Warning: this type (Study,objref) already exists, it will be ignored.
Warning: this type
(SALOME_MED/MEDCouplingFieldDoubleCorbaInterface,objref) already exists,
it will be ignored.
+ found in 10.0 seconds
Start SALOME, elapsed time :  10.6 seconds
Error in sitecustomize; set PYTHONVERBOSE for traceback:
AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'
****************************************************************
     Warning: module NETGENPLUGIN is improperly configured!
     Module NETGENPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
****************************************************************
     Warning: module HYBRIDPLUGIN is improperly configured!
     Module HYBRIDPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
****************************************************************
     Warning: module HexoticPLUGIN is improperly configured!
     Module HexoticPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
****************************************************************
     Warning: module GHS3DPLUGIN is improperly configured!
     Module GHS3DPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
****************************************************************
     Warning: module BLSURFPLUGIN is improperly configured!
     Module BLSURFPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
****************************************************************
     Warning: module GMSHPLUGIN is improperly configured!
     Module GMSHPLUGIN will not be available in GUI mode!
****************************************************************
SalomeApp_Engine_i::Load() isMultiFile = 0
AsterStudy: 金-03-16:46:50.614 Opening AsterStudy JSON file...
AsterStudy: 金-03-16:46:50.620 Use version 'stable' (14.4.0)
AsterStudy: 金-03-16:46:50.620 loading case 'RunCase_1' (1/2)...
AsterStudy: 金-03-16:46:50.620 loading stages...
AsterStudy: 金-03-16:46:50.620 case 'RunCase_1' loaded
AsterStudy: 金-03-16:46:50.621 loading case 'CurrentCase' (2/2)...
AsterStudy: 金-03-16:46:50.621 loading stages...
AsterStudy: 金-03-16:46:50.767 case 'CurrentCase' loaded
AsterStudy: 金-03-16:46:51.141 JSON file reloaded
AsterStudy: 金-03-16:46:52.114 AsterStudy is activating...
AsterStudy: 金-03-16:46:52.115 Creating workspace...
AsterStudy: 金-03-16:46:52.221 Refreshing configuration on localhost...
AsterStudy: 金-03-16:46:53.654 workspace is ready.
AsterStudy: 金-03-16:46:54.410 AsterStudy activated
AsterStudy: 金-03-16:47:22.208 saving case 1-RunCase_1...
AsterStudy: 金-03-16:47:22.211 saving case 15-RunCase_2...
AsterStudy: 金-03-16:47:22.213 saving case 5-CurrentCase...
AsterStudy: 金-03-16:47:23.064 Submitting job on localhost...
AsterStudy: 金-03-16:47:23.129 job submitted
AsterStudy: 金-03-16:47:23.134 Getting job output on agr194-186...
AsterStudy: 金-03-16:47:23.274 exit code: 255
AsterStudy: 金-03-16:47:23.352 Getting job output on agr194-186...
AsterStudy: 金-03-16:47:23.367 exit code: 255
AsterStudy: 金-03-16:47:23.372 Getting job output on agr194-186...
AsterStudy: 金-03-16:47:23.387 exit code: 255
AsterStudy: 金-03-16:47:23.391 Getting job output on agr194-186...
AsterStudy: 金-03-16:47:23.406 exit code: 255
/bin/cp: '/tmp/asterstudy_workdir_kouzou/kouzou-agr194-186.hines.hoge.ac.
jp-金-03-164723.050/./bou2.med' を stat できません: そのようなファイルやディ
レクトリはありません
/bin/cp: '/tmp/asterstudy_workdir_kouzou/kouzou-agr194-186.hines.hoge.ac.
jp-金-03-164723.050/./message' を stat できません: そのようなファイルやディ
レクトリはありません
/bin/cp: '/tmp/asterstudy_workdir_kouzou/kouzou-agr194-186.hines.hoge.ac.
jp-金-03-164723.050/./base-stage1' を stat できません: そのようなファイルや
ディレクトリはありません

Ubuntu16.04でSalome-Meca2019が起動しない

runSalome running on hp16
Searching for a free port for naming service: 2811 - OK
Searching Naming Service  + found in 0.1 seconds 
SALOME_Session_Server: error while loading shared libraries: libGLX.so.0: cannot  open shared object file: No such file or directory
Traceback (most recent call last):
 File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/KERNEL_V9_3_0/bin/salome/orbmodule.py", line 172, in waitNSPID
   os.kill(thePID,0)
ProcessLookupError: [Errno 3] No such process
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
 File "/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/runSalome.py", line 633, in useSalome
   clt = startSalome(args, modules_list, modules_root_dir)
 File "/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/runSalome.py", line 578, in startSalome
   session=clt.waitNSPID("/Kernel/Session",mySessionServ.PID,SALOME.Session)
 File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/KERNEL_V9_3_0/bin/salome/orbmodule.py", line 174, in waitNSPID
   raise RuntimeError("Process %d for %s not found" % (thePID,theName))
RuntimeError: Process 11528 for /Kernel/Session not found
Searching /Kernel/Session in Naming Service  
--- Error during Salome launch ---

HP Pavilion dv Ubuntu18.04

During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
 File "/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/runSalome.py", line 633, in useSalome
   clt = startSalome(args, modules_list, modules_root_dir)
 File "/home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/bin/salome/runSalome.py", line 578, in startSalome
   session=clt.waitNSPID("/Kernel/Session",mySessionServ.PID,SALOME.Session)
 File "/home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/modules/KERNEL_V9_3_0/bin/salome/orbmodule.py", line 174, in waitNSPID
   raise RuntimeError("Process %d for %s not found" % (thePID,theName))
RuntimeError: Process 4650 for /Kernel/Session not found
--- Error during Salome launch ---
Enter the salome_meca install directory [default=/home/kouzou/salome_meca] : 
salome_meca is in English, do you want to be in French ? [y/N] : N
Installation of salome_meca V2019.0.3_universal in /home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal ...
Verifying archive integrity...
All good.
Done                                                                           
./create_appli.sh: 行 108: /salome_prerequisites_root.sh: そのようなファイルやディレクトリはありません
./create_appli.sh: 行 109: /salome_modules.sh: そのようなファイルやディレクトリはありません
Creating salome_meca application in /home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal ...
sed: /.config_appli_template.xml を読み込めません: そのようなファイルやディレクトリはありません
Desktop directory not found.
grep: salome_context.cfg: そのようなファイルやディレクトリはありません
salome_meca post-installation ...
./create_appli.sh: 行 263: python: コマンドが見つかりません
./create_appli.sh: 行 287: ./salome_post_install.py: そのようなファイルやディレクトリはありません
The salome_meca application was successfully created.
To run the application:
$ /home/kouzou/salome_meca/appli_V2019.0.3_universal/salome
Adjusting wishexecutable /home/kouzou/salome_meca/V2019.0.3_universal/tools/Code_aster_frontend-20190/etc/codeaster/profile.sh
Initialize terminal and editor for Code_aster
Final configuration

解決例

Ubuntu18(サーバー版)等で、Salome-Meca2019や2018が起動しない場合がある。

salome_meca/appli_V2019.0.3_universalの中の実行ファイル(salome)を直接 起動した場合のエラーの最後の行は、

RuntimeError: Process 7208 for /Kernel/Session not found

みたいな感じ。以下をインストールすると解決

sudo apt install libQt5* net-tools libnlopt0

hdfファイルを読み込むとエラー

Ubuntu18(クライアント版)のsalome-meca 2019にhdfファイルを読み込もうとしたら、

ドキュメントオープン中に不明な問題が発生しました

のエラー。「ダウンロード」等、全角文字のディレクトリ内のhdfを読み込もうとすると出るようだ。Salome-Meca 2018だと大丈夫のようだが。

「メッシュを作成」の際にエラー

Salome Exception:liblapack.so.3:共有オブジェクトファイルを開けません:
そのようなファイルやディレクトリはありません

liblapack3をインストールすれば解決。


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